Η κωπηλασία εντάχθηκε στο δυναμικό του ΝΟΗ το 1981, και έτσι έγινε το πρώτο σωματείο που θα καλλιεργούσε το άθλημα στην Κρήτη. Με την ευγενική προσφορά μιας τετρακώπου από τον Ναυτικό Όμιλο Ιωαννίνων, και με πρώτο προπονητή τον Μιχάλη Τσολάκη, θα ακολουθήσουν τα πρώτα αναγνωριστικά χρόνια στο να γίνει γνωστό το άθλημα στην νεολαία του Ηρακλείου.

Σιγά - σιγά έρχονται και οι πρώτες διακρίσεις. Το 1987 ο ΝΟΗ κατακτά το χάλκινο μετάλλιο στο Πανελλήνιο πρωτάθλημα στο αγώνισμα του διπλού σκιφ Εφήβων και το άθλημα ανεβαίνει ραγδαία. Πολλά παιδιά εισρέουν στις τάξεις του Ναυτικού Ομίλου.

Το τμήμα εξοπλίζεται με καινούργια σκάφη και η επόμενη επιτυχία δεν θα αργήσει να έρθει.
Το 1993 δύο αθλητές του, ο νυν προπονητής κωπηλασίας του Ομίλου Γιώργος Κουρτικάκης και ο συναθλητής του Γιώργος Μανουσάκης φέρνουν μια ακόμα πανελλήνια διάκριση για το σύλλογο. Το χάλκινο μετάλλιο στην δίκωπο άνευ Εφήβων.

Από εκείνη την χρονιά και μετά το κωπηλατικό τμήμα του ΝΟΗ θα έχει συνεχείς παρουσίες σε όλα τα Πανελλήνια πρωταθλήματα όλων των κατηγοριών μέχρι και σήμερα. Θα ακολουθήσουν και άλλες πανελλήνιες διακρίσεις και αθλητές του θα ενταχθούν στις τάξεις της Εθνικής ομάδας με παρουσία σε διεθνείς διοργανώσεις.

Το 2001 ο αθλητής του συλλόγου Μανόλης Τζανάκης θα γίνει ο πρώτος αθλητής από την Κρήτη που θα αγωνιστεί σε διοργάνωση Παγκοσμίου πρωταθλήματος στο αγώνισμα του σκιφ ανδρών -23, καθώς επίσης την ίδια χρονιά θα είναι και μέλος της αποστολής των Μεσογειακών αγώνων στην Τυνησία.